东莞轨道交通1号线、2号线、3号线将分别与深圳地铁6号线、12号线和18号线、11号线对接。
东莞2号线明年开通
将对接深圳地铁12号线和18号线
将于明年5月前开通的东莞地铁2号线，是东莞最先开通的轨道交通线路。2号线全长55.7公里，设站23座，其中一期工程为东莞火车站至虎门火车站，目前进入列车“试跑”调试阶段。
2号线将与深圳地铁12号线和18号线连接。其中，深圳地铁12号线为普速线路，起于海上世界，终止于空港新城，线路长33公里，目前该线路纳入四期建设规划（2017至2022年）。深圳地铁18号线为东西向市域快线，线路起于空港新城，终止于平湖，线路长43.2公里。
东莞3号线对接深圳11号线
东莞市轨道交通3号线为西南─东部的切线，经过8镇街，设站24座，全长66.2公里。深圳地铁11号线为串联西部重要组团的市域快线，线路起于上海宾馆，经福田枢纽、南山、前海、机场、沙井，终止于碧头，线路全长54.3公里，设站18座。
会议讨论认为，根据两市轨道线网规划，深圳11号线预留与东莞轨道交通3号线衔接，在深圳松岗碧头站预留向东莞长安镇海悦花园站或长安步行街站换乘衔接条件。